2000年，深圳足球俱乐部为了加强梯队建设决定加大投入，将原来的二队分成二队和三队两支队伍。
2003年又组建了U15队，2004年深足陷入动荡致梯队建设停滞，梯队合并继续参加全国U-17联赛、U-19联赛。
2007年，深足与保定鸿鹄足球俱乐部签署梯队合作协议，建立深足后备梯队人才基地。
2008年9月深足梯队以“香雪上清饮”之名征战2008年－09年香港甲组足球联赛，深圳队创造一项记录就是成为首支同时征战内地和香港联赛的球队。但结果位列榜末而需降级到香港乙组足球联赛。最终随著降级二队也退出香港联赛。
2009年，南山少年足球倶乐部以提供训练基地及队员的方式入股深圳队，南山少年队的队员成为深足梯队的队员，深足的二、三线队伍亦代表深圳参加广东省运会和广东省中***会。南山青少年俱乐部、前任助教谢育新带领的盐田少年队都作为深足梯队。但随着范育红下课、谢育新到广州市二线队任职后，深足与两者的关系发生了重大改变。
2013年，深圳红钻授权新乡市绿茵青少年体育俱乐部成立深圳红钻足球俱乐部后备人才训练基地。开展U系列梯队训练和组建。2013年，与陈永强足球培训班合作开展青少年足球培训工作。
2013年，与前外援马里科与同样曾效力深足的日科夫一起携手深圳红钻俱乐部，合作成立了“深圳红钻足球俱乐部马里科+日科夫青少年足球培训班”。
深足总裁曾震宇表示将建立青训
深圳市南山外国语学校高级中学。根据查询晶报***息得知，学校启动法兰克福足球青训项目，在深圳市南山外国语学校高级中学组建南外高中男子精英足球队。深圳市南山外国语学校高级中学成立于2004年，是广东省一级全寄宿制公办高中。
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